אזור בית השורשים מושפע ממערכת השורשים של
צמחים, והוא שונה במובהק מקרקע ללא שורשים בתכונותיו הפיזיקליות, הכימית
והביולוגיות. שפע של מרכיבים אורגניים משתחררים על ידי שורשי צמח לאזור בית השורשים וכתוצאה מכך,
אזור זה מהווה מחד נישה עשירה ומזינה למגוון מיקרואורגניזמים ומאידך סביבה תחרותית
השונה מיתר נפח הקרקע. כמו כן, ההרכב הכימי, התכונות הפיזיקליות של האזור המידי של השורש (הריזוספירה) וגנוטיפ
הצמח משפיעים על מיקרו-פלורת הקרקע (Buée et al., 2009).
בהתאם, באזור בית השורשים מתקיימות
אינטראקציות מזיקות ואינטראקציות מועילות בין הצמח לבין מיקרואורגניזמים ובין אלו
לכימיקלים המיושמים בקרקע. לפיכך, ישנה חשיבות גדולה למחקר ולפיתוח של טכנולוגיות
המנצלות אינטראקציות שורש-מיקרואורגניזמים מועילות מחד, ועצירת אינטראקציות מזיקות
מאידך. מידע זה יתרום רבות לשיפור המצב הפיזיולוגי של הצמח, להגברה ולהגדלת היבול
ולפיתוח הענף החקלאי והטכנולוגי הנלווה לו. הנחת המחקר הבסיסית הינה שהבנה מעמיקה
של התנהגות כימית, פיזיקלית וביולוגית בתוך בית השורשים תשמש בסיס לשיפור הפוריות
החקלאית.